本研究院包含五個研究中心：
士林哲學研究中心
Institute of Scholastic Philosophy
天主教史研究中心
Institutum Historiae Ecclesiae
科學與宗教研究中心
Center for the Study of Science and Religion
華裔學志漢學研究中心
Monumenta Serica Sinological Research Center
若望保祿二世和平對話研究中心
John Paul II Institute for Research into Dialogue for Peace
左方選單之連結可連至各中心之網站。
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